Pour le moment, l’expérience de Villar en Coupe du monde n’est pas très concluante. Remplaçant inutilisé en 2002 quand le Paraguay atteint les 8e de finale, le gardien se présente en titulaire quatre ans plus tard en Allemagne. Malheureusement, lors du premier match du groupe B contre l’Angleterre, il est trompé par son défenseur central dès la 3e minute et sort blessé cinq minutes après. Il ne joue plus et l’équipe est éliminée au premier tour. Le portier de Valladolid tentera de se reprendre en Afrique du Sud.